El área de África que actualmente abarca el país estaba habitada por pequeños grupos de cazadores-recolectoresantes de que comenzaran a llegar oleadas de tribus bantúes que provenían del norte alrededor del siglo X. Aunque la mayoría de los bantúes continuaron hacia el sur, algunos decidieron instalarse permanentemente y fundarontribus basados en sus ancestros comunes. Para el año 1500 d. C., las tribus habían establecido un reino que iba desde la actual Nkhotakota hasta el río Zambeze y desde el lago Malaui hasta el río Luangwa en lo que ahora esZambia. Poco después del 1600, con el área gobernada en gran parte por un sólo caudillo, las tribus comenzaron a relacionarse, comercializando entre ellos y haciendo alianzas con los comerciantes y militares portugueses. Sin embargo, para 1700, el imperio se había disuelto y el área fue nuevamente controlada por varias tribus independientes, lo cual fue descrito por varios navegantes portugueses en sus informes o relatos de expediciones.
David Livingstone llegó al lago Malaui (entonces lago Nyasa) en 1859, y Malaui fue originalmente conocido como Nyasalandia bajo el dominio británico. En un gran ejemplo de lo que a veces es llamado la "delgada línea blanca" de la autoridad colonial en África, el gobierno colonial de Nyasalandia fue formado en 1891. Los administradores recibían un presupuesto de £10.000 por año, lo cual era suficiente para contratar a diez civiles europeos, dos agentes militares, setenta Sikhs del Punjab y ochenta y cinco cargadores de Zanzíbar. Estos pocos empleados eran los encargados de administrar y vigilar un territorio de alrededor de 94,000 km2 con una población de entre uno y dos millones de habitantes. En 1944, los habitantes de Nyasalandia fundaron el Congreso Africano de Nyasalandia (NAC por sus siglas en inglés) para hacer llegar al gobierno británico los intereses de la población local. En 1953, el Reino Unido unió Nyasalandia con los territorios de Rodesia del Norte y del Sur, para formar lo que se conoció como la Federación Centroafricana (CAF), debido principalmente a razones políticas. Esta unión puso a los nacionalistas en contra del gobierno británico, y el NAC ganó popularidad entre la población. Uno de los principales cabecillas de esta oposición fue Hastings Kamuzu Banda, quien había estudiado en Europa y trabajaba como doctor en Ghana. Banda regresó a Nyasalanda en 1958 para apoyar la causa nacionalista, siendo elegido presidente del NAC y comenzó a organizar el movimiento antes de ser arrestado por las autoridades coloniales en 1959. Fue liberado en 1960, cuando colaboró en la elaboración de una nueva constitución para Nyasalandia, en la que se garantizaba la mayoría africana dentro de la cámara del poder Legislativo.
En 1961, el Partido Congresista de Malaui (MCP) ganó la mayoría de puestos en la cámara del poder legislativo y Banda fue elegido primer ministro en 1963. La Federación se disolvió ese mismo año, y el 6 de julio de 1964, Nyasalandia se convirtió en un estado independiente y cambió su nombre al de Malaui. Bajo una nueva constitución, se convirtió en un estado unipartidista bajo el mandato del MCP y Banda se declaró presidente vitalicio en 1970. Por casi 30 años, Banda gobernó firmemente y suprimió a todos aquellos contrarios a los intereses del partido, asegurándose que no tendría oposición. Sin embargo, pese a su severidad política, la economía durante su presidencia a menudo es citada como uno de los mejores ejemplos de cómo un país pobre, sin salida al mar, densamente poblado y sin recursos minerales, puede progresar y desarrollar la agricultura y la industria. Mientras estuvo en el poder, y usando su control sobre el país, Banda construyó un imperio empresarial que eventualmente producía un tercio del PIB del país, y que empleaba al 10% de la fuerza de trabajo.
Bajo la presión por incrementar la libertad política, Banda accedió a un referéndum en 1993, donde la población votó una democracia multipartidista. Después de las elecciones, a finales de 1993, se creó un consejo presidencial, la presidencia vitalicia se abolió y una nueva constitución fue promulgada, terminando definitivamente con el mandato del MCP. En 1994, se llevaron a cabo las primeras elecciones multipartidistas, y Bakili Muluzi se convirtió en presidente. Muluzi permaneció en el poder hasta 2004, cuando Bingu wa Mutharika fue elegido presidente. Aunque el ambiente político es descrito como "un reto", para el 2008, el sistema multipartidista aún existe. En 2009 se llevaron a cabo, por cuarta vez en la historia del país, elecciones generales multipartidistas para el parlamento y la presidencia, en esta última resultó re-electo el presidente Mutharika. Durante la I Guerra Mundial (1914-1918), John Chilembwe, un predicador africano indignado por la participación forzosa de sus compatriotas en la guerra, organizó un violento levantamiento en los alrededores de Blantyre, precursor de los posteriores movimientos nacionalistas, los cuales, después de la II Guerra Mundial comenzaron a adquirir fuerza. Desde 1953 el protectorado formó parte de la federación de Rhodesia (hoy Zambia y Zimbabue) y Nyasalandia. Tras su disolución en 1963, Nyasalandia obtuvo un estatuto que le concedía amplia autonomía, siendo Hastings Kamuzu Banda, el dirigente del Partido del Congreso de Malawi (MCP), su primer ministro. El protectorado obtuvo la independencia el 6 de julio de 1964 con el nombre de Malawi. El 6 de julio de 1966 se proclamó la República y el primer ministro Banda fue elegido presidente de la misma por la Asamblea Nacional. En noviembre de 1970 la Constitución fue reformada para hacer a Banda presidente vitalicio.
